Desa Botok awal mulanya terdiri dari 2 dukuhan, yaitu dukuh Botok Kulon dan dukuh Botok Wetan. Karena kecilnya wilayah ini, maka desa botok di perluas dan di tambah dukuhannya, yaitu dukuh Selo dan dukuh Sembung. Maka desa Botok akhirnya menjadi 4 dukuhan yaitu:

 

Selanjutnya atas musyawarah masyarakat dari ke empat dukuhan, maka nama desa tersebut dinamakan desa Sembung. Nama sembung tersebut diambil dari desa yang menjadi luas karena disambung wilayahnya, yaitu disambung dengan dukuh Selo dan dukuh Sembung.

 

Setelah perkembangan jaman desa Sembung itu berubah menjadi desa botok. Mengapa desa Sembung itu berubah menjadi desa Botok? Adapun cerita tentang terjadinya desa Botok itu adalah sebagai berikut:

 

Pada jaman belanda dimana daerah ini adalah masih berwujud hutan rimba, ketika itu datanglah seorang Kyai yang bernama Kyai Ageng Rendeng. Menurut cerita Kyai Ageng Rendeng ini berasal dari Jawa Tengah. Namun belum lama Kyai Ageng Rendeng ini bermukim dan menjadi pemimpin desa di tempat iniakhirnya ia meninggal dunia dan di makamkan di desa Kincang Wetan, tepatnya di selatan Taman Ria Maospati.

 

Kyai Ageng Rendeng meninggalkan beberapa putera yaitu diantaranya bernama Jo Saliyo. Nama Jo Saliyo ini adalah nama samaran dan bukan nama asli dikarenakan Jo Saliyo ini adalah seorang buron kompeni Belanda. Jo Saliyo ini pada ahirnya menggantikan jabatan ayahnya yaitu menjadi pemimpin desa. Namun pada akhirnya penyamaran Jo Saliyo ini diketahui juga oleh kompeni Belanda. Karena penyamarannya di ketahui oleh kompeni Belanda, maka Jo Saliyo pindah tempat ke arah utara yaitu desa Ginuk, agar tidak tertangkap oleh Belanda.

 

Karena kepergian Jo Saliyo tersebut, maka kedudukan pemimpin desa Sembung di ganti oleh Mbah So Wirono. Mbah Sowirono kono berasal dari dukuh Juron Desa Sumberdukun Kecamatan Magetan. Yang juga konon Mbah Sowirono tersebut sebelum tinggal di di dukuh Juron ia berasal dari Yogyakarta.

 

Mbah Sowirono mempunyai seorang anak perempuan yang bernama Suwuh. Suwuh ini  setelah dewasa di kawinkan dengan anaknya Mbah Rono Menggolo yang bernama So Menggolo dari dukuh Turus desa Baron Kecamatan Magetan, yang menurut cerita nantinya akan mempunyai anak lai-laki yang bernama Gunek.

 

Pada suatu ketika terjadilah sebuah kerusuhan, yaitu desa Sembung kedatangan kawanan penjahat, perampok dari Sragen Jawa tengah. Kawanan penjahat ini benar-benar membuat resah masyarakat desa Sembung, karena tiap malam terjadi perampokan secara besar-besaran. Kejadian perampokan besar-besaran di tiap malam ini  menjadi terkenal dan menjadi sebutab buah bibir yaitu" Harta benda orang Sembung menjadi BOTOKAN (jarahan) oleh penjahat!" 

 

Kata-kata ini menjadi populer dan terkenal di masyarakan Sembung dan tetangga desa Sembung, maka akhirnya desa Sembung menjadi lebih dikenal dengan desa Botok, yang pada akhirnya menjadikan nama desanya menjadi desa Botok sampai sekarang.

 

Setelah Gunek dewasa, ia di jadikan kepala desa Botok, dan setelah jabatan kepala desanya berahir ia digantikan oleh Mbah Diran, begitu selanjutnya. 

 

Adapun yang pernah menjabat kepala desa Botok adalah: